未受到污染的水體中氨氮的含量本來是很低的，但是近年來由于水體被污染，不少地方地表水水源水中氨氮的質量濃度超過或經常超過飲用水水源水對氨氮的水質要求（≤0.5mg/L）。我國許多水廠都采用折點氯化法進行消毒，對于氨氮過高的水源水，在加氯消毒時為了獲得自由性余氯必須投加大量的氯來分解氨氮，使水的加氯量大大增加。高的加氯量更加重了產生消毒副產物的問題。
飲用水的水質生物穩定性問題是20世紀90年代提出的。理想的飲用水中應該不含有有機物，因此異養微生物無法在自來水中大量繁殖。傳統的消毒理論認為，在已消毒的水中保持有一定濃度的剩余消毒劑的條件下，水中微生物無法再繁殖，從而保證自來水在自來水配水管網系統中的生物穩定性。但是近年來的研究表明，如果自來水中含有一定量的可以被異養微生物作為基質利用的有機物，則此種自來水為生物不穩定的水，即使在水中保持一定濃度的剩余消毒劑，仍然存在著較高的微生物再繁殖的風險。特別是對于超大型城市配水管網和高位水箱，由于存在水的停留時間過長、剩余消毒劑被完全分解的可能性，生物穩定性差的飲用水更容易出現管網或水箱中微生物再繁殖的問題。
近年來，我國水污染的狀況十分嚴重。根據國家環保總局發布的《2000年中國環境狀況公報》，我國七大重點流域地表水普遍受到有機污染，各流域干流的斷面滿足地表水三類及其以上水體水質要求的為57.7%，21.6%的斷面為四類水質，6.9%的斷面屬五類水質，13.8%的斷面屬劣五類水質，主要污染指標為高錳酸鹽指數和氨氮；主要湖泊富營養化程度問題突出，如太湖、滇池、巢湖等，氮、磷、高錳酸鹽指數嚴重超標；全國多數城市地下水受到一定程度的點狀或面狀污染，局部地區地下水部分水質指標超標，主要有礦化度、總硬度、硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、鐵、錳、氯化物、硫酸鹽、氟化物、pH值等。可以說，水源受到不同程度的污染是困擾大多數自來水廠的普遍問題。