1.水中無機雜質造成的堵眼
蔬菜大棚中使用滴灌，大部分水的來源是井水。據了解，流沙井的出現率越來越高，有的井在使用一段時間后也會出現流沙的情況。水中砂石含量的增加，無疑會對滴灌的滴孔造成堵塞。而在一些地面水源豐沛的地區，滴灌主要是靠河道水渠內的水，其中也含量許多大小不等無機雜質。
預防措施：對于無機雜質較多的水源，預防堵眼就應加強對水的過濾。在水源處安裝大型的過濾設備，在每個菜農的大棚中還需安裝操作性強的單體過濾系統。例如砂石過濾器、疊片式、篩網式過濾器的組合使用，水質才能達到滴灌水的使用標準。若發現有堵眼情況發生，在將堵塞的滴孔貫通的同時，要把毛管一頭打開，提高水壓將毛管中的雜質清洗干凈。
2.有機雜質造成的堵眼
對于一些被化肥或其他物質污染的較淺的水井或者是河流溝渠，水中的有機雜質是造成堵眼的原因之一。另外如果在使用滴灌的過程中，肥料使用完畢后沒有進行足夠的清水沖洗，極易造成各種藻類在管道內大量繁殖，這也是堵眼的一個原因。
預防措施：選擇隔光質量好的滴灌管道，采取黑膜覆蓋的膜下灌溉防治。解決堵眼辦法有兩個：一是使用酸液進行清洗，可達到消毒、抑制和消滅水中的藻類和微生物的效果。常用高氯酸、硝酸、磷酸、硫酸等，使用時將pH值調到5.5-6.0，處理時必須嚴格控制使用濃度，避免對作物造成危害。酸液清洗時注意調低系統灌溉壓力，以減緩流速，提高酸洗效果，結束后再用清水沖洗。二是使用專門的殺菌滅藻劑沖洗。
3.水與肥料造成的堵眼
使用滴灌沖施肥料的時候如果肥料溶解度不夠或者雜質較多，就會造成堵眼。不過菜農還需要注意一個問題，那就是某些蔬菜生產地區使用的地下水中，鈣、鎂等金屬離子含量較高，碳酸鹽含量偏高，我們通常所說的水質比較硬，長期使用會在滴灌內管壁生成較多的水垢（碳酸鈣等）。也有可能在與化學肥料混合的時候會產生沉淀，從而發生堵眼。
預防措施：對于水質較硬的地區可采用離子交換凈水器進行水處理。為了防止肥料產生堵眼的情況，菜農要使用質量好、溶解度高、無殘留的水溶性肥料。現在隨著水溶肥制造工藝的提高，采用了離子活化技術的水溶肥料中的元素更穩定，能夠抑制肥料與水中的金屬離子發生反映產生沉淀。

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