1997年3月，重慶直轄，劃入原萬縣市、涪陵市和黔江地區管轄的區域。原重慶市轄11區3市7縣：渝中區、江北區、沙坪壩區、九龍坡區、南岸區、大渡口區、北碚區、萬盛區、雙橋區、巴南區、渝北區；永川市、江津市、合川市；綦江縣、長壽縣、大足縣、銅梁縣、璧山縣、潼南縣、榮昌縣。原萬縣市轄3區8縣：龍寶區、天城區、五橋區，忠縣、云陽縣、巫山縣、城口縣、開縣 、梁平縣、奉節縣、巫溪縣。原涪陵市轄2區1市3縣：枳城區、李渡區，南川市，墊江縣、豐都縣、武隆縣。原黔江地區轄5自治縣：彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。是年12月，重慶市調整行政區劃。撤銷萬縣市及其所轄的龍寶區、天城區、五橋區，設立萬縣區；龍寶區、天城區、五橋區改為龍寶管理委員會、天城管理委員會、五橋管理委員會；萬縣區轄龍寶、天城、五橋三個管理委員會。設立萬縣移民開發區，與萬縣區為一套機構兩塊牌子。原萬縣市所轄的忠縣、開縣、云陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣由萬縣移民開發區代管。城口縣、梁平縣由重慶市直接管理。撤銷涪陵市及其所轄的枳城區、李渡區，設立涪陵區。原涪陵市所轄南川市、墊江縣、豐都縣、武隆縣由重慶市直接管轄。撤銷黔江地區。設立黔江開發區，代管原黔江地區的彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。至此，重慶直轄市轄13區4市23縣，萬縣移民開發區代管忠縣、開縣、云陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣；黔江開發區代管彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。直接管理12區4市12縣。

1998年5月，萬縣區改為萬州區，萬縣移民開發區改為萬州移民開發區。

2000年6月，撤銷萬州移民開發區、黔江開發區；撤銷黔江土家族苗族自治縣，設立黔江區；原萬縣移民開發區代管的忠縣、開縣、云陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣和原黔江開發區代管的彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、秀山土家族苗族自治縣由重慶市直接管理。7月，萬州區龍寶、天城、五橋三個管理委員會改為移民開發區。