首先，徐州市科技成果管理制度與事業單位國有資產管理制度之間的不銜接、不協調問題。“科技成果”作為一項特殊的“國有資產”，目前面臨《促進科技成果轉化法》和事業單位國有資產系列管理規定同時并行的情況。這兩類規定對于科技成果管理，存在較大差異。前者采取充分放權和加強中后期管理方式，后者仍是嚴格審批和備案管理模式。

盡管2017年11月，財政部印發了《關于〈國有資產評估項目備案管理辦法〉的補充通知》，將國家設立的高校、科研機構原由財政部負責的科技成果資產評估備案工作，調整為由高校、科研機構的主管部門負責，并要求在5個工作日內完成備案手續，在一定程度上簡化了備案程序，縮短了備案時間，但并未從根本上實現科技成果的市場化定價，仍然沿用一般“國有資產”的管理思路，采取評估+備案的管理方式。

此外，在科技成果對外投資方面，綜合考慮流程優化和科技成果技術入股有關稅收支持政策的適用條件，很多科研事業單位采取“兩步走”方式，即先由單位作為出資主體，同時完成針對科研人員的股權獎勵，然后再將科技成果出資所形成的由單位持有的股權，無償劃轉至單位所屬資產管理公司。

最后，在實踐中，“兩步走”可并做“一步走”，即在工商管理部門辦理企業登記時，以新設立公司為例，單位可直接將其所屬資產經營公司登記為出資人，而不用先將單位登記為出資人，再將股權變更登記至資產經營公司名下。但上述方式省略了一個環節，即事業單位將股權無償劃轉至資產經營公司的報備環節。根據教育部直屬高校國有資產管理相關文件，事業單位采取無償劃轉方式處置資產，需向主管部門和財政部門報備，周期較長。目前部分單位實踐中上述環節的缺失，很可能會給科技成果轉化所形成項目公司的未來發展，帶來一些潛在的“隱患”或成為規范管理上的一個“瑕疵”。

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