科技部、財政部、稅務總局建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業認定管理工作的監督檢查。對存在問題的認定機構提出整改意見并限期改正，問題嚴重的給予通報批評，逾期不改的暫停其認定管理工作。

第十六條 

對已認定的高新技術企業，有關部門在日常管理過程中發現其不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優惠。

第十七條 

高新技術企業發生更名或與認定條件有關的重大變化（如分立、合并、重組以及經營業務發生變化等）應在三個月內向認定機構報告。經認定機構審核符合認定條件的，其高新技術企業資格不變，對于企業更名的，重新核發認定證書，編號與有效期不變；不符合認定條件的，自更名或條件變化年度起取消其高新技術企業資格。

第十八條 

跨認定機構管理區域整體遷移的高新技術企業，在其高新技術企業資格有效期內完成遷移的，其資格繼續有效；跨認定機構管理區域部分搬遷的，由遷入地認定機構按照本辦法重新認定。