殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。

客戶將鮮奶整體儲存在鮮奶儲存罐中，此鮮奶儲存罐通過壓縮機降溫，具有低溫保存作用，需要殺菌時，開啟連接儲存罐與8并聯立式巴氏殺菌罐的離心奶泵，通過350#導熱油或熱水進行過濾殺菌，殺菌用時為2-2.5小時左右，殺菌溫度為85°。

殺菌完成后，通過奶泵打入過濾器中進行二次過濾，過濾完成后，將巴氏奶打入均質機中均質。

均質完成后，開啟離心奶泵，將巴氏奶打入預冷罐中，預冷罐是使用冷水進行降溫，降溫時間為1-1.5小時左右，一般降溫到45°以下才能打入壓縮機制冷的冷藏罐中，否則對奶的品質和設備使用壽命都有影響。

降溫完成后，開啟連接預冷罐與冷藏罐的離心奶泵，將巴氏奶打入冷藏罐進行儲藏。