根據藥材的不同設備不同的流水線方式。 對于質量比較輕，葉莖類的藥材例如甘草采用氣泡清洗。將甘草倒入水中清洗池中的氣泡翻滾可以將甘草不堆積，甘草較長清洗時推料板不能很好的將物料推動前進，所以在推料上設計小細節加裝小抓手可以帶動物料的連續前進。網帶的前進速度可以根據電機的運行調整（也可換成變頻可控）。在清洗機池中清洗后輸送到提升位置，提升位置有噴淋噴頭可接自來水進行再次的沖洗。沖洗的用水落回到清洗池補充水分。

  根莖類的清洗如：三七的清洗采用先浸泡后噴淋清洗的方式，將三七表面的泥土浸泡變軟后再輸送到高壓噴淋進行沖洗。在網帶的下端也設計高壓噴淋的噴頭，上下同時對噴將三七表面的泥土徹底的清洗掉。